Atât din mărturisirea făcută în ancheta Securităţii de către Pătrăşcanu, dar şi din alte dovezi care au apărut ulterior, rezultă fără dubii o concluzie logică. Comutarea pedepsei lui Cristescu s-a făcut din „înalte raţiuni de stat” dictate de sovietici, cei care practic ocupaseră România şi dictau orice actiune a guvernului. „Tribunalului poporului” , guvernului român şi Regelui revenindu-le doar rolul de simpli executanţi, de marionete şi de a traduce în termeni juridici dispoziţiile primite.
Cristescu era la un moment dat convins că un anumit rol în salvarea lui de la moarte l-au avut evreii pe care şi el la rândul lui i-a ajutat atât cât a putut.
Argumentul cu angajamentul de a dezvălui reţelele de spionaj care au acţionat pe teritoriul României, respectiv cea a Intelligence Service, dar nu numai, sau mai bine spus, „pentru a fi exploatat ca bază de date”, se pare că a fost reală şi este dovedită prin faptul că numele lui Cristescu apare atât în calitate de martor, cât şi ca inculpat în alte procese politice care au urmat.
Ordonanţa nr. 3 din 22 august 1946 a Parchetului General al Curţii de Apel Bucureşti, Cabinetul III, „Criminali de război”, preciza că E. Cristescu împreună cu generalul de brigadă C. Tobescu erau acuzaţi într-un alt proces pentru infracţiunea de „sabotare a actului de la 23 august 1944”. Acest proces s-a prelungit timp de trei ani şi este curios că s-a judecat în lipsa lui Eugen Cristescu. Prin sentinţa nr. 1026 din 26 august 1949, Tribunalul Militar Bucureşti, Secţia a II-a i-a condamnat pe E. Cristescu şi generalul C. Tobescu la câte 5 ani de închisoare pentru „crimă de instigare şi lipsă de la serviciu fără învoire prealabilă”.
După judecarea procesului intentat celor ce s-au făcut vinovaţi de masacrele de la Iaşi din iunie 1941, în Decizia Criminală cu nr. 2628 din 26 iunie 1948, numele lui Cristescu nu apare, ceea ce înseamnă că a fost absolvit de orice vină.
În schimb, fără a li se proba vinovăţia, sunt condamnaţiîi cinci funcţionari de bază ai S.S.I.-ului, Florin Becescu, mort în împrejurări neelucidate în aprilie 1945, maiorul Emil Tulbure, mort în iulie 1941 în urma unui atac de cord, maiorul Gheorghe Balotescu, fugit în Germania odată cu retragerea trupelor germane după 23 august 1944 şi Gheorghe Cristescu, fratele lui Eugen Cristescu, condamnaţi în contumacie. Gh. Cristescu a fost acuzat că a luat parte la producerea masacrului, când în realitate participase în calitate de specialist criminolog la cercetarea lui.
În timpul cât Cristescu s-a aflat la Lublianka, la Moscova, soţia acestuia afişa o mare siguranţă şi liniştite, repeta în anturajul ei că soţul i se va reîntoarce teafăr de la ruşi. Mai mult, într-o notă a Siguranţei din 17 februarie 1945, se menţiona că „…În cercurile politice de stânga se discută că englezii fac eforturi pentru a-l scoate pe Eugen Cristescu de pe lista criminalilor de război şi a vinovaţilor de dezastrul ţării. Motivul este că Eugen Cristescu ar fi jucat şi pe tabloul englezilor şi acum a sosit momentul să i se dea o compensaţie cuvenită”.
O altă notă întocmită de agentul „Ares” din cadrul Siguranţei la 1 aprilie 1946, menţiona că „..Serviciul informativ din Misiunea Americană a dat dispoziţii agenţilor săi să caute în jurul Bulevardului Carol, unul din sediile N.K.V.D.-ului. Se arată că la acest sediu se află fostul şef al S.S.I., Eugen Cristescu. Acesta a acceptat să lucreze pentru N.K.V.D. Actualmente el lucrează la sediul numitului comandament cu colonelul Borisov şi locotenent-colonel Leontiev. Eugen Cristescu coordonează acţiunea N.K.V.D.-ului din România. Împreună cu colonelul Borisov s-a deplasat la Moscova şi în urmă la Paris. Eugen Cristescu a acceptat să lucreze pentru a-şi salva viaţa. El este prizonier, nu poate vedea pe nimeni şi nu iese decât însoţit de cei doi şefi ai N.K.V.D.-ului. Agenţii au dispoziţii de a raporta despre posibilităţile de a lua contact cu Eugen Cristescu”.
O notă a S.S.I.-ului din 20 iunie 1947, menţiona: „În ziua de 18 iunie 1947 Eugen Cristescu, fostul director general al S.S.I.- ului, condamnat la muncă silnică pe viaţă de Tribunalul Poporului, a fost dus la Curtea Marţială din Bucureşti pentru a depune ca martor la revizuirea procesului rebeliunii legionare. Numitul a venit însoţit de soţie, avocatul său şi un gardian. În timpul prânzului, Eugen Cristescu a mâncat pe sala Curţii Marţiale, consumând alimente aduse de soţia sa, într-un geamantan (pâine, friptură, vin etc.). Gardianul care-l însoţea a fost, de asemenea, servit cu un sandwich, strecurându-i-se în acelaşi timp şi ceva în buzunar. Toate aceste fapte, desfăşurate în văzul celorlalţi martori şi inculpaţi, au stârnit numeroase comentarii, spunându-se între altele că Eugen Cristescu trăieşte mai bine decât cei care sunt liberi, în timp ce, ceilalţi deţinuţi politici nu se pot folosi de pachete cu alimentele ce le sunt trimise de familie, deoarece sunt reţinute de administraţiile penitenciarelor până se degradează.
Aceste comentarii au fost stârnite şi de faptul că Eugen Cristescu arată foarte bine şi este destul de îngrijit îmbrăcat, s-ar putea spune chiar elegant. De asemenea, s-a spus că Eugen Cristescu fiind astăzi încă în viaţă este o dovadă că regimul intenţionează să-i folosească serviciile în anumite situaţii”.
