Eugen Cristescu a debutat în carieră, activând în munca de informaţii, la Siguranţă, în Direcţia Generală a Poliţiei, avansând treptat până la funcţia de director. S-a remarcat prin modul în care a combătut mişcarea legionară. A fost demis din această funcţie de către Carol al II-lea deoarece adunase informaţii despre Elena Lupescu, amanta regelui (viitoare soţie a acestuia), fiind “lucrat” de către Mihail Moruzov, care a dezvăluit acest lucru regelui.
De-a lungul întregii lui cariere a fost considerat un „funcţionar de stat” model, iar după numirea în funcţia de director al SSI, „omul lui Antonescu”.
România se afla în pragul războiului, iar prima măsură urgentă luată de Cristescu a fost reorganizarea SSI-ului. În activitatea de culegere de informaţii, tinta principală a devenit Uniunea Sovietică, iar pe linie internă, Partidului Comunist şi Mişcarea Łegionară.
Ca o curiozitate istorică, la 23 august 1944, din cei 1.150 membri ai Partidului Comunist Român, mai mult de jumătate dintre aceştia erau informatori ai serviciilor de informaţii, SSI şi Siguranţa Statului. Unul dintre aceşti informatori a fost Emil Bodnăraş, care a devenit ulterior şeful Ministerului Forţelor Armate a Republicii Populare Române.
SSI-ul sub conducerea lui Cristescu a supravegheat serviciile de informaţii care activau în România, în special pe cele maghiare si bulgare, precum şi 11 structuri informative germane.
În ceea ce priveşte ţinta principal, Uniunea Sovietică, SSI şi-a făcut datoria pe deplin, a cules informaţii extrem de pretioase de peste Prut şi a transmis conducerii statului, respectiv lui Ion Antonescu informatii si avertismente asupra imensului potenţial militar şi economic al URSS.
Una dintre realizările notabile a SSI-ului a fost aflarea datei devastatorului raid american aerian asupra Ploieştiului, 1 august 1943, cu o săptămână înainte ca acesta să aibă loc.
Deşi loial aliaţilor germani, la ordinul lui Antonescu, în plin război mondial, SSI a testat în contactele avute cu serviciile de informaţii ale aliatilor şansele unui eventual armistiţiu, ajutându-se de şeful confreriei masonice, Jean Pangal, de Grigore Gafencu, fost ministru de externe etc.
Eugen Cristescu a condus SSI-ul cu un înalt nivel de profesionalism, considerându-se «funcţionar de stat», adică, obligat să servească interesele statului mai presus de orice. Cristescu a reuşit marea performanţă, în ciuda unor presiuni, să nu politizeze serviciul. A fost un maniac al unei ordini financiare stricte. A fost primul şef de serviciu de informaţii care a introdus sistemul de remunerare a personalului pe criterii de calitate şi merit, fiind „complet interzis ca un salariat să se intereseze de situaţia celuilalt”.
Într-o declaraţie din 6 octombrie 1944, după ce a fost arestat Eugen Cristescu afirma că, „SSI a fost un serviciu de informaţii al statului român, public, nu clandestin, condus de legi, norme şi regulamente precise”, accentuând că SSI a fost un serviciu de informaţii şi nu unul de execuţii şi crime. Eugen Cristescu s-a delimitat clar de «seria asasinatelor de stat», adică, lichidarea masivă a adversarilor politici petrecută în timpul dictaturii regale a lui Carol al II-lea, iar sub dictatura lui Ion Antonescu de masacrele de la Jilava, Snagov şi Strejnic comise de legionari.
Acest fapt este demonstrat de procesul pogromului de la Iaşi, judecat în anul 1948. Eugen Cristescu a fost audiat doar în calitate de martor şi nu ca inculpat.
Pe plan intern, în timpul războiului, agenţi americani şi britanici capturati şi anchetaţi de SSI au primit un regim de arest deosebit de blând. De asemenea activitatea opoziţiei a fost tolerată şi protejată, între anii 1943-1944, SSI i-a protejat şi Maniu, dar si pe liderii comunişti, Petru Groza, Ion Gheorghe Maurer, Mihai Beniuc. Acesta din ordinal lui Cristescu a fost angajat în SSI pentru a nu fi trimis pe front. Printre agenţii recrutaţi si folosiţi de SSI/ul condus de Cristescu s-au numărat cântăreaţa Maria Tănase, scriitorul Zaharia Stancu etc.
După evenimentele de la 23 august 1944, Eugen Cristescu a stat ascuns, peregrinând prin diferite localităţi din ţară. La data de 1 septembrie 1944, Eugen Cristescu şi-a înaintat demisia, acceptată formal de generalul Constantin Sănătescu, un act discutabil, deoarece destituirea se făcea doar printr-un înalt decret regal. Acest lucru s-a întâmplat de drept, la 1 martie 1945, prin Înaltul Decret regal nr.568.
Că uneori “funcţionarul de stat” a fost surclasat de către “omul lui Antonescu”, este dovedit de mărturisirea făcută unui coleg de celulă, un “sifon” al securităţii, Gabriel Bălănescu .
„Este cea mai mare cinste a vieţii mele că am fost la un pas în urma acestui om, Antonescu”.
După actul de la 23 august 1944, Eugen Cristescu s-a refugiat cu o mare parte din arhiva sa în comuna Bughea, din judeţul Muscel, unde a şi fost arestat.
La 24 septembrie 1944, în cadrul “grupului” Antonescu, a fost transportat şi anchetat în URSS de căre Viktor Abakumov, şeful unităţii contrainformative SMERŞ şi apoi al Securităţii U.R.S.S.
În primăvara anului 1946 a fost retrimis în România.
.